Née à Bilbao, Idoia Bengoa a étudié la flûte à bec avec Agostino Cirillo et Thomas Kügler. Elle s’est spécialisée dans les bassons historiques grâce à l’enseignement d’Adrian Rovátkay et les cours de David Sattler.
Entre autres formations, Idoia a joué avec la Lautten Compagney, le Wrocław Baroque Orchestra, Trondheim Barokk, La Dolcezza, l’Ensemble de la Chapelle Saint Marc, Concerto Brandenburg, Glossarium et Le Tendre Amour (tournée de la pièce de théâtre The Tempest, de William Shakespeare). Elle est aussi membre de l’ensemble Cultus Harmonicus et a participé à l’enregistrement intégral des Cantiones Sacrae de Melchior Vulpius avec Capella Daleminzia, sous la direction de René Röder.